论文查重工具在与知网数据库的兼容性方面主要存在以下问题：1.知网数据库特殊格式兼容性差，导致查重工具可能无法识别；2.知网数据库更新频繁，与查重工具的数据同步存在困难。为解决这些问题，建议查重工具开发者加强对知网数据库格式的适配性，保持与知网数据库的同步更新。

知网数据库作为国内知名的学术资源平台，与论文查重工具的兼容性一直备受关注。在实际使用中，用户常常会遇到查重工具无法识别知网数据库特殊格式的问题，或者由于知网数据库的更新导致查重结果不准确的情况。针对这些情况，建议用户在选择查重工具时要考虑其与知网数据库的兼容性，尽量选择能够有效结合使用的工具，或者及时更新查重工具的版本以保持兼容性。